Presidente
A Assembleia Constituinte elegeu como Presidente Francisco Guterres Lú Olo.
Mesa
A Mesa da Assembleia Constituinte é composta pelo Presidente, por dois Vice-Presidentes, por um Secretário e por dois Vice-Secretários.
Comissões
A Assembleia Constituinte tinha uma Comissão de Sistematização e Harmonização e uma Comissão Legislativa Especializada.
O Regimento da Assembleia Constituinte previa ainda a existência de comissões temáticas, a deliberar pelo Plenário.
Foram estabelecidas 4 comissões temáticas de acordo com a estrutura da Constituição, a saber: I - Direitos, Deveres e Liberdades, Defesa e Segurança Nacional; II – Organização do Estado, Organização do Poder Político; III – Organização Económica, Social e Financeira; IV – Princípios fundamentais, Garantias, Fiscalização e Revisão da Constituição, Disposições finais e transitórias.
Com a alteração do Regimento, em 2002, foram estabelecidas a Comissão de Estudo e Análise e a Comissão Especializada do Regimento do Parlamento Nacional, responsável pela elaboração do projeto de Regimento para o futuro Parlamento Nacional.